Odjeli koji djeluju unutar CARNeta jesu:

* Odjel mrežne infrastrukture
* Odjel računalno-informacijskih sustava i servisa
* Odjel za računalnu sigurnost
* Odjel podrške korisnicima
* Odjel za podršku obrazovanju
* Odjel općih i financijskih poslova

Poseban odjel čini Ured ravnatelja.

Upravno vijeće zastupa interese osnivača CARNeta, Vlade Republike Hrvatske. Članove Upravnog vijeća imenuje ministar znanosti, obrazovanja i športa. Od 26. ožujka 2004. godine Upravno vijeće djeluje u sastavu:

* prof. dr. sc. Mladen Kos (predsjednik), Fakultet elektrotehnike i računarstva sveučilišta u Zagrebu
* prof. dr. sc. Darko Tipurić, Ekonomski fakultet sveučilišta u Zagrebu
* prof. dr. sc. Mario Kovač, Fakultet elektrotehnike i računarstva sveučilišta u Zagrebu
* dr. sc. Diana Šimić, Središnji državni ured za E-Hrvatsku
* dr. sc. Srećko Krile, Sveučilište u Dubrovniku.

Izvršno povjerenstvo CARNeta koordinira kratkoročno i dugoročno planiranje, donosi odluke o organizaciji poslovanja i odgovorno je za odnose s Vladinim tijelima, korisnicima, partnerima i javnosti, a trenutno ga čine:

* ravnatelj (Zvonimir Stanić),
* zamjenik ravnatelja (Vlado Pribolšan),
* pomoćnici ravnatelja (Nataša Glavor, Radovan Kovačević, Branko Radojević, Marijana Pezelj, Ivana Golub, Andrijana Prskalo Maček).

Ravnatelj koordinira aktivnosti na razini cijele ustanove i izvan nje te zastupa i predstavlja CARNet u javnosti. 9. rujna 2004. godine, ministar znanosti, obrazovanja i športa doc.dr.sc. Dragan Primorac imenovao je Zvonimira Stanića za ravnatelja CARNeta na razdoblje od četiri godine.

Vijeće korisnika je savjetodavno tijelo CARNeta koje čine svi CARNet koordinatori s ustanova članica. Na sjednici Vijeća korisnika održanoj 14. srpnja 2005. g. za predsjednika Vijeća korisnika izabran je gospodin Damir Mrkonjić.